作为两项基本的医疗保险制度，职工医保和城乡居民医保主要有五个方面的不同：
一、参保对象不同
职工医保覆盖所有用人单位的职工，只要是有就业单位、签订劳动合同并与单位建立稳定劳动关系的劳动者，用人单位和个人都必须按照国家规定依法履行缴费责任，参加职工基本医疗保险。这里所说的“用人单位”，包括各级各类党政机关、企事业单位。也就是说，无论是党政机关干部（公务员）、事业单位工作人员，还是各类所有制形式的企业职工，大家参加的都是职工医保，也享受同样的职工医保待遇。
城乡居民医保是由原来主要面向城镇未就业人员的城镇居民医保和主要面向广大农村居民的“新农合”两项制度于2019年前后整合而成的，覆盖了除职工医保应参保人员之外的其他人群，统称“城乡居民”，既包括居住和生活在城镇的非就业居民，也包括原来参加“新农合”的广大农村居民。重点是通常所说的“一老一小”，即未纳入职工医保保障范围的老年人和各级各类大、中、小学的在校学生及学龄前儿童（包括新生儿）。
二、费用来源不同
职工医保由用人单位和职工个人按规定共同缴纳基本医疗保险费。具体缴费标准，国家文件下发了一个统一的指导线，允许各个地方结合本地实际情况自行确定。
城乡居民医保则采取个人缴费与财政补助相结合的方式，个人缴费标准和财政补助标准根据国家、省统一要求适时调整，其中财政补助占有较大的比重。
三、缴费要求不同
职工医保是按月缴费的，一般规定在每月的月初缴费，用人单位统一代扣代缴；如果长时间超期缴纳，会产生滞纳金。另外，职工医保有最低缴费年限政策，职工退休时达到缴费年限要求的，不再缴费并开始享受退休医保待遇；未达到缴费年限要求的，在退休时须按规定一次性趸缴不足年限的保费，然后享受退休医保待遇。
城乡居民医保按年度缴费，不计算累计缴费年限，一般在上一年度的集中参保缴费期（10-12月）预先缴费，然后在下一年度的1月-12月享受医保待遇。如果参保人错过了集中参保缴费期再来参保缴费，则会有一定期限（一般为三个月）的待遇等待期，待遇等待期内发生的医疗费用是不能享受医保待遇的。
四、享受待遇不同
由于城乡居民医保的缴费标准较低，个人缴费每年只需几百元，而职工医保的缴费标准较高，通常职工个人年度缴费要累计几千元。因此，本着权利义务对等的原则，与职工医保相比，城乡居民医保的保障待遇水平要低一些。就拿住院报销比例来说吧，总体上城乡居民医保要比职工医保低10个百分点。另外，正常参保单位职工医保实行的是“统账结合”模式，除享受统筹待遇之外，建立个人账户，每月按一定比例划入一定的基金用于在定点药店购药和其他个人医疗费用支出，即百姓俗称的“小药钱”；而城乡居民医保只享受统筹待遇，不建立个人账户，没有这个“小药钱”。
五、大病保障不同
无论是职工医保，还是城乡居民医保，当参保人不幸身患大病、重病在每个自然年度内住院（含门诊慢特病）累计发生的符合医疗保险相关规定的医疗费用（简称“合规费用”），经基本医保报销后超过其参保统筹区的最高报销额度（最高支付限额）以上的费用，按规定给予报销。
职工医保的大病保险名称为“职工大额医疗费用补助”，按自然年度缴费，参加职工医保人员（含退休人员）须同时参加“职工大额医疗费用补助”并额外缴费。
城乡居民大病保险不需要参保人额外缴费，大病保险费由城乡居民基本医疗保险基金承担。